Contribution à la caractérisation génétique de la population cunicole locale : Étude de la variabilité génétique et groupes phénotypiques

Abstract

Afin de développer des stratégies de conservation et des plans de de gestion durable pour les populations locales du lapin en Algérie, il est crucial d'obtenir des données complètes sur leur diversité génétique. Dans ce contexte, nous avons entrepris à la fois une caractérisation phénotypique basée sur la couleur de pelage et une caractérisation génétique en utilisant un grand nombre microsatellites (85) pour analyser la diversité génétique des populations du lapin local en Algérie. Notre étude a porté sur un échantillon de 152 individus issus de sept populations, réparties dans sept zones : El Taref, Mostaganem, Sidi Bel Abbès, M’Sila, deux zones de la wilaya de Djelfa, Dar Chioukh et Faidh El Botma, et la zone de Laghouat. Les principaux résultats relatifs à la caractérisation phénotypique révèlent une grande diversité de ce caractère au sein de la population locale de lapins, avec la présence de treize (13) modèles de coloration distincts. Les résultats de l'analyse génétique ont révélé une grande diversité génétique au sein des populations examinées, avec 558 allèles observés, avec 84 sur 85 microsatellites ont montré un polymorphisme. La majorité des locus présentent un déficit d’hétérozygotie, et la plupart des locus étudiés 49/85 locus sont considérés comme très informatif. Quatre-vingt-huit pourcent (88%) de locus étudiés présentent des écarts de l'équilibre de Hardy-Weinberg. La moyenne de de FST est de 0,061, et les moyennes de FIT et FIS sont 0,245 et 0,198 respectivement. Les valeurs de MNa varient de 4 à 4,482, et les valeurs de Pa varient de 9 à 23, les valeurs de l’hétérozygotie attendue sont plus grandes que les valeurs d’hétérozygotie observées (He > Ho) chez toutes les populations. La moyenne de la richesse allélique (Ar) est de 2,349. Les résultats de l’AMOVA indiquent que 3% de la variabilité génétique totale est le résultat de différences génétiques entre les populations. Les résultats des analyses DAPC, l’arbre phylogénétique NJ, et STRUCTURE indiquent la structuration génétique des sept populations locales des lapins étudiés selon la situation géographique en quatre groupes : un groupe représente les populations de centre de l’Algérie, un groupe représente les populations l'ouest, un groupe de la population de sud et un groupe de population l'est. Les conclusions tirées de l'analyse génétique corroborent les résultats de l'analyse phénotypique concernant la variabilité de la population locale de lapin.