Contribution à l’étude de quelques caractères polymorphes en relation avec la productivité chez le lapin local (Oryctolagus cuniculus). - BOUKABENE, Fouzia Kheira. (Population structure and genetic diversity using microsatellite markers of four Algerian rabbit populations precludes hybridization with foreign breeds., 2018)
Résumé La caractérisation génétique des populations algériennes de lapin local est cruciale pour leur développement dans le cadre des programmes nationaux d'amélioration génétique et de conservation. Dans la présente étude, quinze marqueurs microsatellites ont été utilisés pour étudier la diversité génétique et la relation phylogénétique entre quatre populations algériennes de lapins; Blanc (B), Blanc et gris (G), Noir et blanc (N) et Brun et blanc (M) en plus de Gabali (EG) et de Nouvelle-Zélande (EN) d'Egypte. Les microsatellites étaient INRACCDDV0003, SAT2, SAT3, SAT4, SAT5, SAT7, SAT8, SAT12, SAT13, SOL30, SOL33, SOL44, D3Utr2, D6Utr4 et D7Utr5. Quatre vingt dix animaux ont été étudiés dont 15 lapins de chaque population. Les résultats ont révélé que le nombre moyen d'allèles par locus était de 14,26 et l'hétérozygosité moyenne de 0,62 et allant de 0,47 dans le marqueur SAT2 à 0,8 dans le marqueur D6Utr4 alors que l'hétérozygosité attendue était en moyenne de 0,72 et variait de 0,62 dans le marqueur SAT2 à 0,77 dans le marqueur SOL44. Le contenu d'information polymorphique (PIC) moyen était de 0,85 et variait de 0,77 au locus D3Utr2 à 0,93 au locus SOL33. La plupart des locus ont montré des écarts par rapport à l'équilibre de Hardy-Weinberg avec un niveau hautement significatif. Le coefficient de consanguinité des individus par rapport à la population totale (FIT) était le plus élevé de 0,28. Le déficit hétérozygote à l'intérieur de la population (FIS) était en moyenne de 0,13. La variation par paires entre les populations (FST) était en moyenne de 0,16 et se situait entre 0,09 pour D3Utr2 et 0,27 pour SAT2. La plus grande distance génétique de Nei par paires a été enregistrée entre G et EG (0,87) et la dis- tance génétique la plus proche pour la population natif était entre M et N (0,33). Le plus petit FST par paires a été enregistré entre G et M (0,059). Les populations B, G et M, N ont été groupées ensemble formant un amas de mosaïque mélangé. Mots clé: Diversité ; phylogénétique ; lapins algériens ; lapins égyptiens ; marqueurs microsatellites. Abstract The genetic characterization of algerian rabbit populations is crucial for their development as part of national breeding in genetic improvement and conservation programs. In the current study, fifteen microsatellite markers were used to investigate the genetic diversity and phylogenetic relationship among four Algerian populations of rabbits; White (B), White and grey (G), Black and white (N) and Brown and white (M) in addition to Gabali (EG) and New Zealand White (EN) from Egypt. The microsatellites were INRACCDDV0003, SAT2, SAT3, SAT4, SAT5, SAT7, SAT8, SAT12, SAT13, SOL30, SOL33, SOL44, D3Utr2, D6Utr4 and D7Utr5. Ninety animals were studied including 15 rabbits from each population. Results revealed that the average number of alleles per locus was 14.26 and the observed heterozygosity averaged 0.62 and ranging from 0.47 in marker SAT2 to 0.8 in marker, D6Utr4 while the expected heterozygosity averaged 0.72 and ranged from 0.62 in marker SAT2 to 0.77 in marker SOL44. The average polymorphic information content (PIC) was 0.85 and ranged from 0.77 at locus D3Utr2 to 0.93 at locus SOL33. Most loci showed deviations from Hardy-Weinberg Equilibrium with highly significant level. The inbreeding coefficient of the individuals relative to the total population (FIT) was the highest 0.28. The within-population heterozygote deficit (FIS) averaged 0.13. The pairwise variation among the populations (FST) averaged 0.16 and rang-ing from 0.09 for D3Utr2 to 0.27 for SAT2. The highest pairwise Nei’s genetic distance was recorded between G and EG (0.87) and the closest genetic distance for native population was between M and N (0.33). The smallest pair-wise FST was recorded between G and M (0.059). B, G and M, N populations were clustered together forming admixed mosaic cluster. Keywords: Diversity; phylogenetic; Algerian rabbits; Egyptian rabbits; microsatellite markers. الملخص إن التوصيف الوراثي للأرانب الجزائرية المحلية مهم جداً لتطويرها في إطار البرامج الوطنية للتحسين الوراثي والمحافظة عليها. في الدراسة الحالية ، تم استخدام خمسة عشر واسمات من نوع Microsatellites للتحقيق في التنوع الوراثي وعلاقات التطور بين أربع مجموعات جزائرية من الأرانب. أبيض (B) ، أبيض رمادي (G) ، أسود وأبيض (N) وبني وأبيض (M) بالإضافة إلى جبلي (EG) ونيوزيلندي أبيض (EN) من مصر. كانت الواسمات هي INRACCDDV0003و SAT2 و SAT3 و SAT4 و SAT5 و SAT7 و SAT8 و SAT12 و SAT13 و SOL30 و SOL33 و SOL44 و D3Utr2 و D6Utr4 و D7Utr5. تمت دراسة 90 حيوان بما في ذلك 15 أرنب من كل العشائر. أوضحت النتائج أن متوسط عدد الأليلات لكل موضع كان 14.26 ومتوسط اختلاف الزيجوت لوحظ 0.62 وتراوحت من 0.47 في واسمة SAT2 إلى 0.8 في واسمة، D6Utr4 في حين بلغ متوسط التغاير المتوقع 0.72 وتراوحت من 0.62 في واسمة SAT2 إلى 0.77 في واسمة SOL44. كان محتوى المعلومات متعدد الأشكال(PIC) 0.85 وتراوحت من 0.77 في واسمة D3Utr2 إلى 0.93 في واسمة SOL33 . وأظهرت معظم الواسمات انحرافات عن توازن هاردي-فاينبرغ مع مستوى كبير للغاية. كان معامل التزاوج بين الأفراد بالنسبة إلى مجموع العشائر (FIT) أعلى 0.28. بلغ متوسط العجز في الاقتران المختلف للعشائر(FIS) 0.13. بلغ متوسط فرق التباين بين العشائر (FST)0.16. وتراوحت من 0.09 لـ D3Utr2 إلى 0.27 لـ SAT2 . تم تسجيل أعلى مسافة وراثية لـ Neiبين Gو 0.87 EG. وكانت المسافة الوراثية الأكثر تقاربا بين العشيرتين المحليتين بين NوM 0.33. تم تسجيل أصغر FST للزوج بين G و M 0.059. تم تجميع العشائر B و G و M و N معًا لتشكيل مجموعة فسيفساء ممزوجة. الكلمات المفتاحية: التنوع؛ التوارث العشائري؛ الأرانب الجزائرية؛ الأرانب المصرية؛ الواسمات.
Keywords: Mots clé: Diversité ; phylogénétique ; lapins algériens ; lapins égyptiens ; marqueurs microsatellites. Keywords: Diversity; phylogenetic; Algerian rabbits; Egyptian rabbits; microsatellite markers. الكلمات المفتاحية: التنوع؛ التوارث العشائري؛ الأرانب الجزائرية؛ الأرانب المصرية؛ الواسمات.