Contribution des champignons endophytes à la tolérance aux facteurs adverses (biotiques et abiotiques) des espèces cultivées : isolement des champignons endophytes et étude de leur contribution à la tolérance à la salinité ou à des polluants.

Abstract

Les racines peuvent être fortement colonisées par les endophytes fongiques. Ces derniers semblent revêtir une importance particulière pour la survie des plantes, vivant dans des habitats stressants.Cette étude se propose d’identifier la communauté fongique endophyte associée aux racines des plantes poussant dans des environnements salins, en séquençant les régions ITS et 18S de l’ADNr et quantifier l’interaction de la combinaison de la salinité avec ces champignons invitro et in vivo, sur T.durumet H.vulgare.E.phragmospora, A.chlamydospora,Ph.betae, F.equseti, Ch.coarctatumetF.graminearumont été identifiées, avec une prédominance de l’endophyteCh.coarctatum.In vitro, dans la tolérance du blé et de l’orge, sous différentes concentrations de sel (NaCl= 0, 400, 600 et 800meq/l),au stade germination, montre que la germination et la croissance ont été favorisées en présence des champignons endophytes. En leur absence, aucune germination n’a été observée à 600 et 800 meq/l de NaCl. Chez le blé, des taux de germination de 93,4 (400meq/l) et 49,8% (800meq/l) ont été enregistrés en présence d’A.chlamydospora et 71,2% en présence de Ch.coarctatumsous 600meq/l de NaCl. Alors que chez l’orge, des taux de l’ordre de 91%(Ch.coarctatum), 45,6% (F.equseti) et 52,2%(Ph.betae) ont été notés sous 400, 600 et 800meq/l de NaCl, respectivement. Les radicules, les coléoptiles et le nombre de racines, sous conditions de salinité, sont plus développés en présence des endophytes. L’évaluation in vivo semblent indiquer une action positive, des endophytes, sur la levée du blé et de l’orge. La levée des graines d’orge sur le sol fortement salé (14dS/m) a été améliorée en présence d’E.phragmospora(66,67%), A.chlamydospora(83,33%), Ph.betae(86,67%)etCh.Coarctatum(70%), contre 60% observée en leur absence. Alors que chez le blé, des taux de 20%, 16,66% et 0% ont été enregistrés par E.phragmospora, A.chlamydospora et le témoin, respectivement. Les racines principales les plus longues ont été notées sur le sol faiblement salé (E. phragmospora= 14,8cm) et le sol fortement salé (Ch.coarctatum= 19,87cm), respectivement chez le blé et l’orge. Une surface foliaire de 33,56cm² (E. phragmospora) et une matière sèche racinaire de 0,66g (A. chlamydospora)ont été enregistrées, chez l’orge, sur le sol faiblement salé. Les feuilles de blé présentent des taux de potassium plus élevés en présence du mélange d’endophytes (207,01ppm sur 2,5dS/m de salinité). De plus, la teneur en proline (Ch.coarctatum= 1,19g), en chlorophylle b (Mélange d’endophytes = 17,93μg/g MF) et en caroténoïdes(E. phragmospora = 8,36μg/g MF) sont plus élevées chez les graines de blé traitées aux endophytes et cultivées sur le sol moyennement salé.Les graines d’orge inoculées par les endophytes présentent une teneur relative en eau plus élevée (Ph. betae = 85,69% sur 14dS/m de salinité) ainsi que des taux de sodium élevés (56,79ppm en présence de Ph. betaeet Ch. coarctatumsur 8dS/m de salinité), par rapport à celles non traitées.Le rôle des endophytes dans l'atténuation des conséquences liées au sel des deux plantes cultivées est discuté.